Atualizado em 04/06/2024 por Fabio Massami Yamamoto Nível Trabalho Data Doutorado ANÁLISE COMPARATIVA E FUNCIONAL DE PRÓFAGOS IDENTIFICADOS EM PSEUDOMONAS AERUGINOSAAutoria: Fernando Pacheco Nobre RossiOrientação: Aline Maria da Silva 23/02/2024 Doutorado Análise da mutagênese e assinatura mutacional em fibroblastos e tumores de pacientes xeroderma pigmentosum varianteAutoria: Camila CorradiOrientação: Carlos Frederico Martins Menck 21/02/2024 Doutorado Abordagem de auxílio diagnóstico para o Transtorno do Espectro Autista: integração de características semânticas em modelos de atenção visualAutoria: Felipe de Oliveira FrancoOrientação: Helena Paula Brentani 26/01/2024 Mestrado Decodificando a Ubiquitinação na Luta Contra a Malária: Uma Exploração Baseada em Redes de Trios E1-E2-E3 no <i>Plasmodium falciparum</i>Autoria: Lyang Higa CanoOrientação: David Corrêa Martins Junior 13/12/2023 Mestrado Análise Genômica de Isolados Bacterianos de Cobaias (Cavia porcellus) e Preguiças-de-Garganta-Marrom (Bradypus variegatus)Autoria: Dennis Edgardo Carhuaricra HuamanOrientação: João Carlos Setubal 08/12/2023 Doutorado Origens e Potencial Funcional de Retrocópias no Genoma de Humanos e Outros Animais: uma abordagem em larga escala de identificação de retrocópias em diversos genomas animais e o estudo do seu padrão de expressão em tecidos normais humanosAutoria: Helena Beatriz da ConceiçãoOrientação: Pedro Alexandre Favoretto Galante 05/12/2023 Mestrado Um arcabouço para inferência e seleção de modelos dinâmicos de vias de sinalização celularAutoria: Marcelo Batista de Lima JuniorOrientação: Marcelo da Silva Reis 04/12/2023 Mestrado Análises computacionais para identificação de RNAs longos não codificadores com relevância clínica e biológica no adenocarcinoma de pâncreasAutoria: Gabriel Torres Gomes PatoOrientação: Eduardo Moraes Rego Reis 13/11/2023 Doutorado Recuperação de elementos genéticos móveis e prospecção de genes de resistência a antibióticos em dados metagenômicos de compostagem termofílica.Autoria: Remigio Cenepo Escobar RodriguesOrientação: Aline Maria da Silva 27/10/2023 Doutorado Modelagem baseada em agentes (ABM) para estudo dos efeitos da fecundidade e da longevidade na diversidade genética de populações biológicasAutoria: Juan Manuel Vidal GarciaOrientação: Sergio Russo Matioli 25/10/2023 Mestrado Estudos moleculares e epidemiológios BF1 do HIV-1 em São Paulo obtidos pelo projeto VGDNAutoria: Heitor Moreira FrancoOrientação: Paolo Marinho de Andrade Zanotto 10/10/2023 Mestrado Recuperação e caracterização de genomas de bacteriófagos a partir de metagenomas de compostagemAutoria: Vinicius Sousa FloresOrientação: Aline Maria da Silva 30/08/2023 Doutorado Discovery of Transcription Start, Transcription Termination and Transcript Processing Sites in Halobacterium salinarum NRC-1 using dRNA-seqAutoria: Amr Galal Abd El-Raheem IbrahimOrientação: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vencio 28/06/2023 Mestrado Desenho de sondas oligopaint de cópia única e repetitiva para o estudo de cromossomos neo-sexuais em Drosophila mirandaAutoria: Henry Angel Bonilla BrunoOrientação: Maria Dulcetti Vibranovski 27/06/2023 Doutorado Estudo dos PIWI-interacting RNAs (piRNAs): do desenvolvimento de uma base de dados à análise sistemática da expressão gênica em tecidos normais e tumoraisAutoria: Ricardo PiucoOrientação: Pedro Alexandre Favoretto Galante 31/05/2023 Doutorado A expressão de Epirregulina e o papel dual dos macrófagos pró-inflamátorios no microambiente tumoral de Carcinoma Pulmonar de Células Não PequenasAutoria: Vinícius Jardim CarvalhoOrientação: André Fujita 11/05/2023 Doutorado Microbiomas de Esponjas do Sistema Recifal AmazônicoAutoria: Ana Carolina dos Santos SoaresOrientação: João Carlos Setubal 28/04/2023 Doutorado Diversidade taxonômica e funcional da microbiota de fezes de macacos bugios (Alouatta spp.) de cativeiro e vida livre.Autoria: Raquel Riyuzo de Almeida FrancoOrientação: Aline Maria da Silva 16/12/2022 Mestrado Análise genômica comparativa e evolutiva do genoma do monoxeno Blechomonas sp. TCC303EAutoria: José Franklin Calderón TantaleánOrientação: João Marcelo Pereira Alves 01/12/2022 Mestrado COMPARAÇÃO DE VARIANTES RARAS HERDADAS E DE NOVO A PARTIR DE DADOS DO EXOMA DE TRANSTORNO DO ESPECTRO DO AUTISMO E TRANSTORNO DO DÉFICIT DE ATENÇÃO/HIPERATIVIDADEAutoria: Cleiton Figueiredo Osorio da SilvaOrientação: Helena Paula Brentani 28/11/2022 Mestrado Mapeamento e estudo de associação de Variações no Número de Cópias de DNA (CNVs) e de Regiões com Perda de Heterozigozidade (LOH) com Fenótipos ComplexosAutoria: Camila Alves de SouzaOrientação: Julia Maria Pavan Soler 11/11/2022 Doutorado Investigações sobre os mecanismos moleculares da angiogênese com base em dados de expressão gênica num modelo murino, e sua aplicação no prognóstico do câncer de mamaAutoria: Jhonatas Sirino MonteiroOrientação: João Carlos Setubal 27/09/2022 Mestrado Evolução convergente in silico revela princípios morfológicos da locomoção direcionada no soloAutoria: Renata Biaggi BiazziOrientação: André Fujita 24/08/2022 Mestrado Avaliação da influência genética no microbioma intestinal de crianças trigêmeas através da análise de dados de sequencias de rRNA 16S.Autoria: Ondina Fonseca de Jesus PalmeiraOrientação: João Carlos Setubal 17/05/2022 Mestrado Perfil de expressão dos circRNAS no câncerColorretalAutoria: Vanessa Galdeno FreitasOrientação: Pedro Alexandre Favoretto Galante 12/05/2022 Doutorado Recuperação de MAGs de alta qualidade em dados metagenômicos tempo seriado e desenvolvimento de FixAME: uma ferramenta auxiliar de curadoria de erros de montagem genômicaAutoria: Livia Maria Silva MouraOrientação: João Carlos Setubal 14/04/2022 Doutorado ESTUDOS DE BIOINFORMÁTICA ESTRUTURAL DA PROTEÍNA NÃO ESTRUTURAL 1 DO VÍRUS ZIKA E SUAS INTERAÇÕES MOLECULARESAutoria: Sergio Alejandro Poveda CuevasOrientação: Fernando Luis Barroso da Silva 09/03/2022 Doutorado Análise comparativa de genomas de quatro estirpes de Xanthomonas albilineans e prospecção de genes alvo para estudos de associação a fenótipos conhecidosAutoria: Raquel Paulini MirandaOrientação: Marie Anne van Sluys 03/03/2022 Doutorado Electroencephalographic fingerprints of statistical model selection by the brainAutoria: Fernando Araujo NajmanOrientação: Jefferson Antonio Galves 22/02/2022 Mestrado Comparação de redes de microRNAs placentários de primigestassubmetidas a intervenção psicossocialAutoria: Rayssa Maria de Melo Wanderley FeitosaOrientação: Helena Paula Brentani 14/02/2022 Doutorado Predição em sequências de vírus de procariotos através da aplicação de técnicas de aprendizado de máquina em dados metagenômicosAutoria: Deyvid Emanuel AmgartenOrientação: João Carlos Setubal 28/01/2022 Mestrado O genoma da alga vermelha Gracilaria domingensis (Rhodophyta, Gracilariales)Autoria: Natalia Nakamura GouveaOrientação: João Carlos Setubal 26/01/2022 Mestrado Pipeline OligoY para desenho de sondas oligopaint do cromossomo Y incluindo sequências repetitivasAutoria: Isabela Pimentel de AlmeidaOrientação: Maria Dulcetti Vibranovski 26/01/2022 Doutorado Genes colocalizados: estudo de mútua regulação de biogênese entre genes codificadores e não codificadoresAutoria: Felipe Rodolfo Camargo dos SantosOrientação: Pedro Alexandre Favoretto Galante 04/01/2022 Mestrado Análise de dependência entre posições de bases de sequências motivos de fatores de transcrição aplicada à comparação de modelos baseados em Position Weight Matrix e Gramática Regular EstocásticaAutoria: Guilherme Miura LavezzoOrientação: Ariane Machado Lima 20/12/2021 Doutorado Desenvolvimento baseado em modelos de serviços adaptadores para ferramentas de bioinformáticaAutoria: Ricardo Cacheta WaldemarinOrientação: Clever Ricardo Guareis de Farias 24/11/2021 Mestrado Metodologia para caracterização computacional de genes codificadores de proteínas hipotéticas em Leishmania braziliensisAutoria: Alef Janguas da CostaOrientação: Angela Kaysel Cruz 08/09/2021 Mestrado MAGset:uma ferramenta para comparação de genomas recuperados de dados metagenômicos e sua aplicação para melhoria de suas montagensAutoria: Fábio Beltrame SanchezOrientação: João Carlos Setubal 02/09/2021 Doutorado Investigação sistêmica da regulação de transcritos codificadores de transposases pela chaperona SmAP1 em Halobacterium salinarumAutoria: Alan Péricles Rodrigues LorenzettiOrientação: Tie Koide 29/07/2021 Mestrado Meta-análise do efeito da elevada concentração de CO2 atmosférico em espécies neotropicaisAutoria: Janaina da Silva FortirerOrientação: Marcos Silveira Buckeridge 20/07/2021 Doutorado Integração de Bases de Dados Administrativos com Ferramentas GenômicasAutoria: José Deney Alves de AraújoOrientação: Helder Takashi Imoto Nakaya 06/07/2021 Mestrado Classificação e evolução de SBPs em contexto de transdução de sinal: Interação entre SBPs e CacheAutoria: Aureliano Coelho Proença GuedesOrientação: Robson Francisco de Souza 08/06/2021 Mestrado Análise e Reconhecimento de Padrões em Feixes Vasculares VegetaisAutoria: Juliana Virginio da SilvaOrientação: Luciano da Fontoura Costa 30/03/2021 Doutorado Simulation of Biochemical Systems Using Constraint-Based Methods and Complex NetworksAutoria: Paulo Eduardo Pinto BurkeOrientação: Luciano da Fontoura Costa 19/03/2021 Mestrado Transcriptômica de autismo e deficiências intelectuais: uma abordagem de biologia de sistemas para identificar especificidades e convergênciasAutoria: Bruna Garbes Gonçalves PintoOrientação: Helder Takashi Imoto Nakaya 19/03/2021 Mestrado Composição microbiana de inóculo e do composto maduro no processo de compostagem do Zoológico de São Paulo avaliada por meio de metagenômicaAutoria: Suzana Eiko Sato GuimaOrientação: João Carlos Setubal 19/01/2021 Mestrado Identificação por phage display de candidatos vacinais para esquistossomose mansônica baseada na auto-cura de macacos rhesus (<i>Macaca mulatta</i>)Autoria: João Vicente de Morais MalvezziOrientação: Sergio Verjovski de Almeida 09/11/2020 Doutorado Imunologia do Câncer de Melanoma Cutâneo: Uma Abordagem de Biologia de SistemasAutoria: Mindy Stephania de Los Angeles Muñoz MirandaOrientação: Helder Takashi Imoto Nakaya 28/09/2020 Doutorado Comparação de redes de regulação genica da placenta em resposta a exposição ao estresse entre sexos Autoria: André Rocha BarbosaOrientação: Helena Paula Brentani 08/09/2020 Mestrado Análise e reconhecimento da forma tripomastigota de Trypanosoma cruzi para parasitemia automatizada em imagens com baixa densidade de pontosAutoria: Diogo Matos da SilvaOrientação: Helder Takashi Imoto Nakaya 19/08/2020 Doutorado Analise integrada de alterações somáticas e transcricionais em tumores de pâncreasAutoria: Diogo Vieira da Silva PellegrinaOrientação: Eduardo Moraes Rego Reis 29/05/2020 Mestrado Detecção de populações em dados de sequenciamento de RNA de células individuais por meio de módulos de coexpressãoAutoria: Tiago Lubiana AlvesOrientação: Helder Takashi Imoto Nakaya 31/03/2020 Mestrado Identificação e anotação de RNAs longos não-codificantes em Schistosoma mansoni e Schistosoma japonicum Autoria: Lucas Ferreira MacielOrientação: Sergio Verjovski de Almeida 23/03/2020 Doutorado Regulação pós-transcricional em Halobacterium salinarum NRC-1: caracterização do gene VNG_RS05855Autoria: Junier Marrero GutierrezOrientação: Tie Koide 30/10/2019 Doutorado GTACG: Um arcabouço computacional focado em genômica comparativa de bactérias de um mesmo ramo evolutivoAutoria: Caio Rafael do Nascimento SantiagoOrientação: Luciano Antonio Digiampietri 25/10/2019 Mestrado Genômica comparativa aplicada no estudo da invasividade de Streptococcus pyogenesAutoria: Suzane de Andrade BarbozaOrientação: Luciano Antonio Digiampietri 21/10/2019 Mestrado Genômica comparativa e filogenômica de <i>Xylella fastidiosa</i>Autoria: Guillermo Uceda CamposOrientação: Aline Maria da Silva 27/09/2019 Mestrado Análise comparativa do genoma de bacteriófagos isolados da compostagem e estudo dos determinantes de sua interação com Pseudomonas aeruginosaAutoria: Fernando Pacheco Nobre RossiOrientação: Aline Maria da Silva 04/09/2019 Mestrado Análise Estrutural de Sítios de Fosforilação em ProteínaAutoria: Juan Enrique Faya CastilloOrientação: Paulo Sérgio Lopes de Oliveira 22/08/2019 Doutorado Classificação Taxonômica de Sequências obtidas com Meta-ômicas por meio de Integração de DadosAutoria: Felipe Prata LimaOrientação: João Carlos Setubal 20/08/2019 Mestrado Herdabilidade e Estudo de Associação Genômica Ampla (GWAS) de Atividade Física Autorreportada – uma investigação de famílias brasileirasAutoria: Jean Michel Rocha Sampaio LeiteOrientação: Julia Maria Pavan Soler 09/08/2019 Mestrado Análise transcritômica de amostras humanas naturalmente infectadas por Chikungunya VirusAutoria: Natália Baptista CruzOrientação: Helder Takashi Imoto Nakaya 05/08/2019 Doutorado Uma abordagem integrada para a construção e utilização de HMMs de perfil para análises genômicas e metagenômicasAutoria: Liliane Santana Oliveira KashiwabaraOrientação: Arthur Gruber 02/08/2019 Mestrado Análise transcritômica de macacos Rhesus durante infecção por Zika VírusAutoria: Mariana Araújo PereiraOrientação: Helder Takashi Imoto Nakaya 12/07/2019 Doutorado Rastreando arbovírus em ambientes silvestre e urbanoAutoria: Marielton dos Passos CunhaOrientação: Paolo Marinho de Andrade Zanotto 10/07/2019 Doutorado Mineração de dados de anemia falciforme e priapismoAutoria: Mina Cintho OzahataOrientação: João Eduardo Ferreira 02/07/2019 Mestrado Papel do colágeno na síndrome congênita de Zika: uma abordagem de Biologia de SistemasAutoria: Fábio Baldívia PohlOrientação: Helder Takashi Imoto Nakaya 04/06/2019 Doutorado Desenvolvimento de uma Ferramenta Computacional para Análise de Co-Expressão Gênica e sua Aplicação na Biologia de SistemasAutoria: Pedro de Sá Tavares RussoOrientação: Helder Takashi Imoto Nakaya 09/05/2019 Mestrado Análise da Tetramerização da Proteína CD38 por meio de Docking MolecularAutoria: Jadson Carlos dos SantosOrientação: Silvana Giuliatti 08/05/2019 Doutorado Ordenação evolutiva de genesAutoria: Pedro Ivo Gomes de FariaOrientação: João Carlos Setubal 27/03/2019 Doutorado Identificação e anotação funcional de novos transcritos com expressão alterada no câncer pancreáticoAutoria: Omar Julio SosaOrientação: Eduardo Moraes Rego Reis 27/02/2019 Mestrado Construção e Aplicação de HMMs de Perfil para a Detecção e Classificação de VírusAutoria: Miriã Nunes GuimarãesOrientação: Arthur Gruber 22/02/2019 Doutorado Predição de função para TSSaRNAs (transcritos associados a sitios de início de transcrição) em<i> Halobacterium salinarum</i> NRC-1Autoria: Yagoub Ali Ibrahim AdamOrientação: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vencio 07/02/2019 Mestrado Usando Biologia de Sistemas para entender a ImunossenescênciaAutoria: Fernando Marcon PassosOrientação: Helder Takashi Imoto Nakaya 13/12/2018 Doutorado Investigação de perfis microbianos humanos e sua relação com o câncerAutoria: Andrew Maltez ThomasOrientação: João Carlos Setubal 12/12/2018 Doutorado Incorporação de evidências biológicas para a identificação de SNPs interferindo em sítios alvos de miRNAsAutoria: Paula Prieto OliveiraOrientação: Ariane Machado Lima 10/12/2018 Doutorado Transcriptoma, Sítios de Ligação para Fatores de Transcrição e Região Promotora de cana-de-açúcarAutoria: Mauro de Medeiros OliveiraOrientação: Glaucia Mendes Souza 26/09/2018 Mestrado Halobacterium salinarum NRC-1: Rede de Regulação Gênica e sua análise probabilísticaAutoria: Guilherme Martins CrocettiOrientação: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vencio 08/05/2018 Mestrado Genômica comparativa de tripanossomatídeos portadores de endossimbiontes e sua implicação no genoma de Angomonas ambiguusAutoria: Anderson Carvalho MoraisOrientação: João Marcelo Pereira Alves 03/05/2018 Doutorado Genômica Comparada e a Evolução da Defesa Química em AnfíbiosAutoria: Denis Jacob MachadoOrientação: Taran Grant 10/04/2018 Mestrado Métodos de validação tradicional e temporal aplicados à avaliação de classificadores de RNAs codificantes e não codificantesAutoria: Clebiano da Costa SáOrientação: Ariane Machado Lima 23/03/2018 Doutorado Redes Neurais Residuais Profundas e Autômatos Celulares como Modelos para Predição que Fornecem Informação Sobre a Formação de Estruturas Secundárias Proteicas.Autoria: José Geraldo de Carvalho PereiraOrientação: Paulo Sérgio Lopes de Oliveira 15/03/2018 Mestrado BioNetStat: Uma ferramenta para análise diferencial de redes biológicasAutoria: Vinícius Jardim CarvalhoOrientação: Marcos Silveira Buckeridge 08/02/2018 Mestrado Detecção de<i> Copy Number Variation (CNV)</i> e sua caracterização na população brasileira Autoria: Ana Cláudia Martins CiconelleOrientação: Julia Maria Pavan Soler 06/02/2018 Doutorado Systems Integration Tool: uma ferramenta para integração e visualização de dados em larga escala e sua aplicação em cana-de-açúcarAutoria: Amanda Rusiska PiovezaniOrientação: Marcos Silveira Buckeridge 14/12/2017 Mestrado Análise Transcricional de RNAs Não Codificadores Longos em Pacientes com DengueAutoria: Matheus Carvalho BürgerOrientação: Helder Takashi Imoto Nakaya 27/11/2017 Mestrado Análise do transcritoma de Haemophilus influenzae tipo b durante o processo de fermentação em biorreatorAutoria: Carlos Eduardo Madureira TrufenOrientação: Anatoli Iambartsev 24/11/2017 Mestrado Determinação pré-natal não invasiva de paternidade utilizando micro-haplótiposAutoria: Jaqueline Yu Ting WangOrientação: Helder Takashi Imoto Nakaya 24/11/2017 Doutorado Arquitetura genética dos genes codificadores de proteínas ligantes de RNAAutoria: Fernando Cipriano de Andrade OliveiraOrientação: André Fujita 22/11/2017 Mestrado Análise do transcritoma do mexilhão marrom (Perna perna) sob contaminação por antracenoAutoria: Jhonatas Sirino MonteiroOrientação: João Carlos Setubal 30/10/2017 Mestrado Predição Computacional de Sítios de Ligação de Fatores de Transcrição Baseada em Gramáticas Regulares Estocásticas.Autoria: Antonio Ferrão NetoOrientação: Ariane Machado Lima 27/10/2017 Mestrado Modelagem e implementação de banco de dados clínicos e moleculares de pacientes com câncer e seu uso para identificação de marcadores em câncer de pâncreasAutoria: Ester Risério Matos BertoldiOrientação: Eduardo Moraes Rego Reis 20/10/2017 Doutorado Estruturas de Redes em Ossos ao longo do desenvolvimentoAutoria: Cynthia Martins Villar CoutoOrientação: Luciano da Fontoura Costa 09/10/2017 Doutorado O papel de Transferência Horizontal de Genes na história evolutiva de duas classes de genes em bactériasAutoria: Luiz Thibério Lira Diniz RangelOrientação: João Carlos Setubal 10/08/2017 Mestrado "Uso de técnicas de reconhecimento de padrões e genetica para a predição de transtornos psiquiatricos da infância"Autoria: Walkiria Karla ResendeOrientação: Helena Paula Brentani 09/08/2017 Doutorado Identificação e análise<i> in silico</i> de ncRNAs empregando dados de RNA-seq em Leishmania.Autoria: Patrícia de Cássia RuyOrientação: Angela Kaysel Cruz 08/08/2017 Mestrado Alinhamento Múltiplo de Genomas de Eucariotos com Montagens Altamente FragmentadasAutoria: George Willian Condomitti EpaminoOrientação: João Carlos Setubal 04/08/2017 Mestrado Caravela: um navegador para metagenomasAutoria: Gianluca Major Machado da SilvaOrientação: João Carlos Setubal 12/06/2017 Doutorado O transcritoma da retinopatia induzida por oxigênio e uma assinatura gênica prognóstica baseada em angiogênese para predição de recidiva de cancer de mamaAutoria: Rodrigo Guarischi Mattos Amaral de SousaOrientação: João Carlos Setubal 02/06/2017 Doutorado Um modelo Bayesiano de Meta-Análise para dados de Chip-SeqAutoria: Pablo de Morais AndradeOrientação: Carlos Alberto de Braganca Pereira 17/04/2017 Doutorado LincRNAs fisicamente associados ao receptor de andrógeno modificam o perfil de marcas da cromatina vizinha e alteram a expressão gênica localAutoria: Lucas Ferreira da SilvaOrientação: Sergio Verjovski de Almeida 11/04/2017 Mestrado COARSE-GRAINED MODELING OF THE PROTEIN COMPLEXATION PHENOMENAAutoria: Sergio Alejandro Poveda CuevasOrientação: Fernando Luis Barroso da Silva 10/04/2017 Mestrado Análise de transcritomas de células de pacientes xeroderma pigmentosum após irradiação com luz UVA e estudo de retrocópias de genes de reparoAutoria: Francisco Ivanio Arruda AlvesOrientação: Carlos Frederico Martins Menck 21/02/2017 Doutorado A transcrição pervasiva na archaea Halobacterium salinarum NRC-1 e a identificação de novos transcritosAutoria: Felipe ten CatenOrientação: Tie Koide 15/02/2017 Mestrado Estudo por simulação computacional em larga escala da complexação de proteínas do leite Autoria: Lariani Aparecida DelboniOrientação: Fernando Luis Barroso da Silva 24/01/2017 Mestrado Análise exploratória de genes compostos predominantemente por microexons arranjados em tandem em uma coleção de anotações de genomas Autoria: Bruno Ferreira de SouzaOrientação: Sergio Verjovski de Almeida 21/12/2016 Doutorado Análise computacional dos genomas de duas estirpes brasileiras de Bradyrhizobium de importância econômicaAutoria: Gesiele Almeida Barros de CarvalhoOrientação: Marie Anne van Sluys 09/12/2016 Mestrado Análise computacional da diversidade viral presente na comunidade microbiana do processo de compostagem do Zoológico de São PauloAutoria: Deyvid Emanuel AmgartenOrientação: João Carlos Setubal 18/11/2016 Mestrado Análise do Metaboloma da Cana-de-Açúcar ao Longo do Ciclo de Maturação da PlantaAutoria: Davi Toshio InadaOrientação: Glaucia Mendes Souza 17/11/2016 Mestrado Estudo comparativo de duas estratégias utilizadas na busca de relações funcionais entre genesAutoria: Juan Manuel Vidal GarciaOrientação: André Fujita 13/10/2016 Doutorado Origem de genes recentes, uma abordagem com PSSMs deterioradas e arquiteturas de domínio proteicoAutoria: Diego Trindade de SouzaOrientação: Sergio Russo Matioli 06/10/2016 Doutorado Suporte ao desenvolvimento e à composição de serviços web semânticos para a análise de expressão gênicaAutoria: Gabriela Der Agopian GuardiaOrientação: Clever Ricardo Guareis de Farias 12/08/2016 Mestrado Uma Arquitetura de Question-Answering Instanciada no Domínio de Doenças CrônicasAutoria: Luciana Farina AlmansaOrientação: Alessandra Alaniz Macedo 08/08/2016 Mestrado Análise global da expressão de RNAs não codificadores no sistema imunológico humano na senescência e sepseAutoria: Diogo Vieira da Silva PellegrinaOrientação: Eduardo Moraes Rego Reis 28/07/2016 Doutorado Bioinformática aplicada à biologia sistêmica para a identificação dos fatores regulatórios do acúmulo de sacarose no colmo da cana-de-açúcarAutoria: Fabrício Edgar de MoraesOrientação: Carlos Alberto Labate 15/07/2016 Mestrado Desenvolvimento de um pipeline para anáise genômica de metilação do DNAAutoria: Henrique Cursino VieiraOrientação: Helena Paula Brentani 25/05/2016 Doutorado Integração de dados na inferência de redes de genes: avaliação de informações biológicas e características topológicasAutoria: Fábio Fernandes da Rocha VicenteOrientação: Fabricio Martins Lopes 02/05/2016 Doutorado Identificação <i>in silico </i>de ncRNAs no organismo modelo <i>Halobacterium salinarum</i> NRC-1Autoria: Marcos Abraão de Souza FonsecaOrientação: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vencio 25/04/2016 Mestrado Caracterização de sítios conformacionais de fosforilação em proteínasAutoria: Felipe Augusto Nunes FerrazOrientação: Paulo Sérgio Lopes de Oliveira 25/04/2016 Doutorado Caracterização e modelagem da atividade eletrofisiológica em pacientes com epilepsiaAutoria: Abner Cardoso Rodrigues NetoOrientação: Koichi Sameshima 20/04/2016 Mestrado Reconstrução da rede metabólica em escala genômica da bactéria Burkholderia sacchariAutoria: Paulo Moisés Raduan AlexandrinoOrientação: André Fujita 15/04/2016 Doutorado Desenvolvimento de um modelo biofísico para a descrição do processo de reparo de quebra-dupla em DNAAutoria: Aymara Martínez AragónOrientação: Joao Dias de Toledo Arruda Neto 29/03/2016 Mestrado Processamento, extração de características e análise morfométrica automatizada de fibras mielínicasAutoria: Rômulo Bourget NovasOrientação: Joaquim Cezar Felipe 18/03/2016 Mestrado Ferramenta computacional para análise integrada de dados clínicos e biomolecularesAutoria: Yuri FerrettiOrientação: Joaquim Cezar Felipe 11/12/2015 Mestrado Implementação de abordagens computacionais para identificação de RNAs longos não codificadores envolvidos na diferenciação neuralAutoria: Gabriel Francisco ZaniboniOrientação: Eduardo Moraes Rego Reis 03/12/2015 Doutorado Algoritmos evolutivos aplicados na investigação da adaptabilidade do código genéticoAutoria: Lariza Laura de OliveiraOrientação: Renato Tinós 30/11/2015 Doutorado Implementação de uma abordagem híbrida utilizando modelagem comparativa e<i> ab initio</i> para predição de estruturas tridimensionais de proteínas contendo múltiplos domínios com conectores flexíveis Autoria: Rodrigo Vargas HonoratoOrientação: Paulo Sérgio Lopes de Oliveira 17/11/2015 Doutorado Análise de componentes esparsos locais com aplicações em ressonância magnética funcionalAutoria: Gilson VieiraOrientação: Luíz Antonio Baccala 13/10/2015 Mestrado Busca de variantes em sequência de DNA proveniente de pacientes com deficiência em processos de reparo do genomaAutoria: Livia Maria Silva MouraOrientação: Carlos Frederico Martins Menck 08/10/2015 Mestrado Caracterização da estrutura e dinâmica das redes funcionais neurais durante um processo de indução anestésicaAutoria: Eduardo Cocca PadovaniOrientação: André Fujita 06/10/2015 Mestrado Reconstrução e análise de genomas de bactérias de compostagem a partir de dados metagenômicosAutoria: Leandro Nascimento LemosOrientação: João Carlos Setubal 23/09/2015 Mestrado Suporte ao desenvolvimento e à integração de ontologias no domínio biomédicoAutoria: Ricardo Cacheta WaldemarinOrientação: Clever Ricardo Guareis de Farias 21/09/2015 Mestrado Exploração de espaços de parâmetros de modelos biológicos sob diferentes paradigmas estatisticosAutoria: Andre Chalom Machado de OliveiraOrientação: Paulo Inácio de Knegt López de Prado 02/09/2015 Doutorado Análise computacional da variação do potencial metabólico microbiano em metagenomasAutoria: Deibs BarbosaOrientação: João Carlos Setubal 21/08/2015 Mestrado Modelagem computacional de famílias de proteínas microbianas relevantes para produção de bioenergiaAutoria: Fernanda Orpinelli Ramos do RegoOrientação: João Carlos Setubal 17/08/2015 Doutorado Uma abordagem integrativa usando dados de interação proteína-proteína e estudos genéticos para priorizar genes e funções biológicas em transtorno de déficit de atenção e hiperatividadeAutoria: Leandro de Araujo LimaOrientação: Helena Paula Brentani 22/07/2015 Doutorado Uma abordagem de integração de dados de redes PPI e expressão gência para priorizar genes relacionados a doenças complexasAutoria: Sérgio Nery SimõesOrientação: Ronaldo Fumio Hashimoto 30/06/2015 Doutorado Desenvolvimento da plataforma CaneRegNet para anotação funcional e análises do transcriptoma da cana-de-açúcarAutoria: Milton Yutaka Nishiyama JuniorOrientação: Glaucia Mendes Souza 13/04/2015 Mestrado Utilização de informações termodinâmicas e estruturais na predição de sítios de ligação de receptores nucleares ao DNA: uma abordagem computacionalAutoria: Ana Claudia Mancusi ValeijeOrientação: Paulo Sérgio Lopes de Oliveira 04/02/2015 Doutorado Caracterização de processos evolutivos de vírus de RNA a partir de padrões deixados nas filogenias viraisAutoria: Caio César de Melo FreireOrientação: Paolo Marinho de Andrade Zanotto 05/12/2014 Mestrado Análise gênica de comorbidades a partir da integração de dados epidemiológicosAutoria: Karla Ferraz NétoOrientação: Evandro Eduardo Seron Ruiz 01/12/2014 Mestrado Infraestrutura computacional para avaliação de similaridade funcional composta entre microRNAs baseada em ontologiasAutoria: Mariana Yuri SasazakiOrientação: Joaquim Cezar Felipe 19/08/2014 Mestrado Framework para classificação das mutações de vírus HIVAutoria: Mina Cintho OzahataOrientação: João Eduardo Ferreira 15/05/2014 Doutorado Metodologia para integração de dados genômicos, transcriptômicos e epigenéticos de câncer de pênisAutoria: Fabio Albuquerque MarchiOrientação: Silvia Regina Rogatto 14/04/2014 Doutorado Explorando a complexidade do transcriptoma humanoAutoria: José Eduardo KrollOrientação: Sandro José de Souza 12/12/2013 Doutorado Troost – Busca de interações entre trios de SNPs em estudos de associação de genoma inteiroAutoria: José Osório de Oliveira Azevedo NetoOrientação: Sergio Russo Matioli 07/11/2013 Mestrado Sifter-T: Um framework escalável para anotação filogenômica probabilística funcional de domínios protéicosAutoria: Danillo Cunha de Almeida e SilvaOrientação: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vencio 25/10/2013 Mestrado Busca guiada de patentes de BioinformáticaAutoria: Marcio Branquinho DutraOrientação: Alessandra Alaniz 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