O programa de Pós-graduação em Química oferece disciplinas de pós-graduação nas diversas áreas de atuação, incluindo disciplinas de interesse geral com caráter formativo e disciplinas específicas das áreas de pesquisa dos orientadores.
A grande maioria das disciplinas é eletiva, entretanto, todos os alunos ingressantes devem, no primeiro semestre de Pós-Graduação, cursar a disciplina “Noções Básicas de Segurança em Laboratórios de Pesquisa em Química e Bioquímica” (01 crédito) e as disciplinas “Tópicos Avançados de Química” (I e II para ME, III e IV para DO e I a IV para DD).
Os alunos podem cursar disciplina de Pós-Graduação de outras unidades da USP e também de outras IES, neste último caso a CCP deve aprovar a equivalência de créditos.
O catálogo de disciplinas do programa, assim como as disciplinas atualmente oferecidas podem ser encontradas no Sistema Janus.