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Experimentos e técnicas 1. Laboratório de Bioquímica de Radicais Livres e EPR Profa. Dra. Ohara Augusto Pós-graduandos: Danilo Bilches Medinas (bilches@iq.usp.br), Fernanda Menezes Cerqueira (fernandamcerqueira@yahoo.com.br) Estresse Oxidativo na Patologia da Esclerose Lateral Amiotrófica (ELA) Atividade antioxidante da superóxido dismutase Ressonância Paramagnética Eletrônica (EPR) Atividades oxidantes da superóxido dismutase associadas à ELA Espectrofotometria UV/vis Eletroforese em gel de poliacrilamida não desnaturante 2. Laboratório de Neurociências Prof. Dr. Alexander Henning Ulrich Pós-graduandos: Kátia Neves Gomes (knevesgomes@yahoo.com.br), Daniel Shikanai Kerr (dskerr@gmail.com) Análise da expressão do mRNA de RIC-8B em diferentes tecidos de camundongos Obtenção de diferentes tecidos de camundongos Extração do RNA total. Análise da expressão por RT-PCR Obtenção de cDNA, PCR e eletroforese em gel de agarose. 3. Laboratório de Bioquímica e Biologia Molecular de Microorganismos Profa. Dra. Aline Maria da Silva Pós-graduandos: Paulo Adriano Zaini (pzaini@iq.usp.br), Paulo de Paiva Rosa Amaral (ppamaral@iq.usp.br) Técnicas de Estudo da Expressão Gênica Estudo de seqüências regulatórias (promotores gênicos) Cultura de células de mamíferos, transfecção celular, avaliação de atividade de promotores utilizando genes repórteres. Análise de expressão gênica por RT-PCR em tempo real Análise de RNA total de bactérias em gel desnaturante, síntese de cDNA, PCR em tempo real. 4. Laboratório de Biologia Estrutural Profa. Dra. Shirley Schreier Pós-graduandos: Fábio Henrique Dyszy (fdyszy@gmail.com), Nélida Marín Huachaca (nelida_marin@yahoo.com) Ligação de peptídeos antimicrobianos a modelos artificiais de membranas biológicas Medidas de constantes de ligação de peptídeos antimicrobianos a sistemas biomiméticos por espectroscopia de fluorescência. Estudos estruturais de peptídeos antimicrobianos utilizando-se dicroísmo circular. Influência do pH na ligação de peptídeos antimicrobianos a sistemas biomiméticos por ressonância paramagnética eletrônica. 5. Laboratório de Lesões em Biomoléculas e Laboratório de Mitocôndria e Viabilidade Celular Prof. Dr. Paolo Di Mascio e Profa. Dra. Alicia Juliana Kowaltowski Pós-graduandos: Fernanda M. Prado (fmprado@iq.usp.br), Heberty di Tarso Fernandes Facundo (heberty@gmail.com) Produção de Espécies Reativas de Oxigênio Por Mitocôndrias Isoladas Espécies reativas em mitocôndrias: avaliação por fluorescência de sondas sensíveis a essas espécies. Espécies reativas em mitocôndrias com canal de potássio aberto e fechado e efeitos de desacopladores. Danos oxidativos no DNA plasmidial causados por radicais livres. Ação antioxidante das vitaminas C e E Geração de radicais livres na fotossensibilização de DNA plasmidial. Avaliação da ação antioxidante das vitaminas C e E. Análise direta dos danos oxidativos e do efeito protetor das vitaminas C e E no DNA plasmidial utilizando gel de agarose. 6. Laboratório de Biossensores Prof. Dr. Claudimir do Lago e Lúcio Angnes Pós-graduandos: Evandro Luís O. Niero, João Victor B. Kozan Construção de biossensores para glicose em matrizes biológicas Pré-Tratamento da superfície do eletrodo de trabalho Eletrodeposição da enzima glicose oxidase Quantificação da glicose em matrizes biológicas 7. Laboratório de Bioinformática Pós-graduandos: Leonardo Varuzza (varuzza@gmail.com), Ricardo Vêncio (rvencio a vision.ime.usp.br), Thiago Venancio (thiago.venancio@gmail.com) Bioinformática Busca em bancos de dados. Introdução às ferramentas do NCBI: Pubmed, Entrez, PDB, GEO. Busca por similaridade em seqüências de DNA e Proteínas. Utilização de ferramentas como BLAST, Interpro, Swissprot. Automação de análises utilizando linux. Sistema operacional linux, ferramentas de manipulação de texto, BLASTALL, scripts. Introdução à Estatística em Biologia Molecular Distribuições de probabilidade, teste de hipóteses, correlação, relações (estatísticas) de causa-e-efeito. 8. Laboratório: Estudos moleculares da divisão celular bacteriana Prof. Dr. Frederico José Gueiros Filho Pós-graduandos: Guilherme Louzada Silva Meira (guimeira@iq.usp.br), Jose Roberto Tavares (jroberto@iq.usp.br). Divisão celular em Bacillus subtilis Preparação de B. subtilis competentes Transformação de B. subtilis com DNA plasmidial por recombinação homóloga Microscopia de fluorescência. 9. Laboratório de Bioquímica de Insetos Profs. Drs.: Walter Ribeiro Terra e Clélia Ferreira Pós-graduandos: Alexandra Frealdo Dumont (adumont@iq.usp.br), Érica Moreira de Oliveira (ericamo@iq.usp.br), Thaís Duarte Bifano (thaisdb@iq.usp.br) Comparação de Sistemas Digestivos de Insetos Fisiologia e bioquímica em duas ordens de insetos economicamente importantes (Hemiptera e Lepidoptera) por medida de atividade enzimática. Obtenção de diferentes regiões do intestino médio, determinação de proteína para que possa ser aferida a distribuição espacial de algumas enzimas. 10. Laboratório de análise genômica da regulação de redes metabólicas Prof. Dr.: Hamza El-Dorry Pós-graduandos: Erik Saenz (esaenz@iq.usp.br), Charlotte Cesty Borda (cborda@usp.br), César Camilo (cmcamilo@usp.br), Marluce Mantovani (marlucem@iq.usp.br) Expressão de genes envolvidos nas principais vias metabólicas do fungo filamentoso Trichoderma reesei Cultura e crescimento do fungo, dosagem de glicose Extração de RNA e DNA, RT-PCR, PCR, gel de agarose e análise dos resultados. 11. Laboratório de Estrutura e Função de Proteínas Prof. Dr. Shaker Chuck Farah Pós-graduandos: Cristiane R. Guzzo (crisguzzo@uol.com.br), Henrique R. Ramos (ramoshr@iq.usp.br), Diorge P. Souza (diorge@iq.usp.br) Estudo da estrutura e função de proteínas Purificação de proteínas utilizando cromatografia de afinidade Eletroforese em gel de poliacrilamida desnaturante (SDS-PAGE) para análise de Proteínas. Western Blot para identificação de proteínas. Fluorescência para a análise da interação proteína-lipídeo. Cristalização de proteínas. 12. Laboratório de Química de Peptídeos Profa. Dra. Maria Terêsa Machini de Miranda Pós-graduandos: Carina Loffredo (carinalf@iq.com.br), César Remuzgo Ruiz (remuzgo@iq.usp.br), Elaine Nogueira (elaineno@iq.usp.br) Síntese química e determinação da estrutura primária de um peptídeo desconhecido Identificação de um peptídeo "natural" por determinação do conteúdo de aminoácidos e seqüenciamento; Síntese de um peptídeo; Comparação entre o "natural" e o sintético.